La verdad que programar en Java 1.4 es muy atractivo para los programadores, diseñadores, y relacionistas de negocios. PHP es pobre por ser estructurado y muy tecnico.
¿en que medida se usan los Enterprise Java Beans?
¿No es posible programar una logica de Negocios en PHP?
La duda es a futuro ¿que tecnologia va a prosperar? Java usa Clases, PHP 5 tambien las usa.
Java es PESADO, PHP es muy liviano! Y esto es un tema, si se cumpliera la ley de moore, hoy un servidor j2ee con sistemas operativos de 64bit, hoy la demanda de recursos de Java no seria tan agobiante.
La Barrera de 2Gb maximo para una JVM
Sin embargo, 2Gb de maximo por proceso java, es una cota bastante costosa. Hace que los sistemas muchas veces en Java exploten. Si esta cota hoy en dia fuera de 100Gb, seria "infinito", pero esta lejos de serlo para una jvm.
Que tantos recursos insume un proceso HTTP?
Sin embargo, los 2Gb por proceso httpd, sigue siendo algo "infinito" para un proceso que ejecuta PHP. Incluso las verisones 5.
Solo el futuro dira que tecnologia prospera y cual de ella escala.
Convengamos que los problemas de ESTABILIDAD en aplicaciones basadas en J2EE, tratese de Portales que utilizan aplication servers J2EE como OAS, WebSphere, WebLogic y ni hablar de WebSphere Portal o DB2 Content Manager. ¿que hay de PHP?
PortalBuenosAires esta desarrollado en PHP y utiliza Apache, y Bases de Datos mysql ... vamos a ver el Stress que aguanta.

Creo que es importante que se comparan manzanas con manzanas.

PHP es principalmente una tecnológica para paginas web.

Java es un lenguaje como C/C++ o Smalltalk para realizar cualquier aplicación que se puede programar. Paginas web solamente son una forma de user interface. Con Java puedo crear aplicaciones desktop para diferente plataformas con Swing o RCP. Puedo crear applets para el browser. Y uso OOP (object-oriented programming) juntos con una cantidad de otras técnicas para crear un producto de calidad.